蓝藻如何进行光合作用？
首先，在光反应阶段，蓝藻和高等植物一样，都是有细胞器的。也就是说，在叶绿体膜外面，还有一层类囊体膜。 光合色素主要存在于类囊体膜上，包括两类：光系统Ⅱ（PSII）和光系统Ⅰ（PSI）。其中，PSII是光能吸收、传递以及电子供体酶复合体，由一个绿色的D1蛋白复合物和一个由多个不同亚基组成的D2蛋白构成； PSI是与有氧呼吸有关的复杂酶系，具有催化中心、调节亚基和组分（如P700、FAD等）。这些结构都是进行正常光合作用所必需的。 而与真核生物相类似，蓝藻的线粒体中也有复杂的细胞色素氧化酶系，可以进行无氧呼吸，产生ATP以满足能量的需要。 但是，如果上述结构有了缺陷，则会导致蓝藻的光合能力下降甚至完全丧失。如缺乏D1结构的异质型藻蓝蛋白（Cyanoporphyrinix），则可能导致蓝光敏感型蓝藻的光抑制，从而影响其生长。又比如缺少D2结构的红颗藻，对红光不敏感，对蓝光非常敏感，如果在黑暗处长时间培养，虽然能够恢复，但经过一段时间又会恢复到缺损的状态；而如果有强光源照射，则可暂时恢复。另外，红颗藻在黑暗处长期培养，细胞内会出现大量的醌类物质（这类物质是有氧呼吸的末端产物），说明其已经形成了无氧代谢途径。
总之，尽管蓝藻没有真正的细胞器，但在光电转换过程中，是由含有光合色素的类囊体膜作为载体，将光能转化为化学能，并迅速通过细胞骨架传递至基质中，参与化学反应。可以说蓝藻的光合作用过程与真核生物的光合作用原理是一致的。 其次，在暗反应阶段，蓝藻的碳同化方式与高等植物差不多，也是在细胞溶胶中经三羧酸循环和卡尔文循环完成CO2的固定和光合磷酸化，以生成丙酮酸或草酰乙酸作为还原边。但是在这里，由于没有了叶绿体的束缚，各反应中间产物的扩散阻力远远小于真核细胞，所以反应速度要比真核细胞快得多。